Qendra ka si mision që nëpërmjet kërkimit, të sigurojë dhe të shpërndajë informacion shkencor mbi florën dhe faunën, të ushtrojë aktivitet mësimor-edukativ në këto fusha dhe të kontribuojë në ruajtjen e biodiversitetit në Shqipëri.
Të jetë qendra kryesore e kërkimit në fushat e studimit të faunës, florës dhe vegjetacionit, si një bazë për ruajtjen dhe përdorimin e qëndrueshëm të këtyre burimeve të rëndësishme natyrore të Shqipërisë;
Të administrojë dhe të pasurojë vazhdimisht koleksionet shkencore të florës dhe faunës shqiptare, si Muzeu i Shkencave të Natyrës 'Sabiha Kasimati' (MShN), Kopshti Botanik i Tiranës (KBT), dhe Herbari Kombëtar (HK), si dokumentim i përhershëm i larmisë bimore dhe shtazore të Shqipërisë; këto tipare unike të secilit institucion janë burim për kërkim, edukim dhe ndërgjegjësim në këto fusha të biologjisë së ruajtjes.
Të jetë pikë fokale dhe të luajë një rol parësor në menaxhimin e bazës së të dhënave kombëtare floristike dhe faunistike, për të përfaqësuar dhe për të promovuar Shqipërinë në shkallë ndërkombëtare në këtë drejtim;
Të ushtrojë veprimtari në fushën e kërkimit, të mësimit dhe edukimit, në përputhje me objektivat dhe programet e Qendrës dhe në bashkëpunim të ngushtë me Departamentin e Biologjisë, Departamentin e Bioteknologjisë dhe me Institucione të tjera shkencore;
Të sigurojë që të dy aspektet, kërkimor dhe mësimor-edukativ, të mbështësin njëri tjetrin duke i shtuar vlerat Qendrës, në shërbim të kërkuesve, studentëve dhe publikut të gjerë, dhe
Të maksimalizojë përfitimet që rrjedhin nga përdorimi i cilësive intelektuale të Qendrës.