Misioni i FSHN është përgatitja e individëve të kualifikuar në fushat e shkencave natyrore dhe mësimdhënies së tyre duke krijuar, zhvilluar dhe transmetuar njohuritë nëpërmjet mësimdhënies dhe kërkimit shkencor, duke kultivuar lirinë dhe diversitetin e ideve, për ndërtimin dhe konsolidimin e shoqërisë demokratike.

Përçimi tek studentët i njohurive të nivelit bashkëkohor universitar, të përditësuara këto në fushat e shkencave të natyrës, i pajisin ata me njohuri të cilat u japin mundësinë për të vazhduar studimet e thelluara në disiplinat e shkencave të natyrës, brenda ose jashtë vendit ose të dalin në tregun e punës si specialistë të kualifikuar.